Le microbiote est, en plus d’être un élément central à notre bien-être, un outil unique pour en apprendre davantage sur enos ancêtres. Une équipe de chercheurs a pu étudier le microbiome de personnes vivant à différentes époques grâce à la découverte de paléo fèces dans des mines de sel à Hallstatt en Autriche afin de comprendre l’alimentation des populations de l’époque.

Les paléo fèces, c’est quoi ?

Les paléo fèces sont des excréments retrouvés dans des grottes très sèches riches en sel, dans des habitats gelés, des endroits désertiques ou des environnements gorgés d’eau. Ces environnements sont propices à leur conservation, ce qui permet aux scientifiques de les étudier aujourd’hui. Ainsi, les excréments retrouvés dans des mines de sel à Hallstatt, en Autriche datant de l’âge de Bronze (14^ème siècle av. J.-C.), de l’âge de fer (5^ème siècle av. J.-C.) et de la période baroque (18^ème siècle apr. J.-C.) permettent d’étudier la structure du microbiote intestinal des peuples et de suivre son évolution à différentes époques.

Évolution du microbiome

Cette étude a identifié un régime alimentaire commun hautement fibreux et riche en glucides (sons et glumes de différentes céréales sont les fragments végétaux les plus souvent retrouvés dans les fèces) complété par des protéines provenant de fèves et parfois par des fruits, des noix ou des produits alimentaires d’origine animale. Tous les anciens mineurs, jusqu’à la période baroque, ont montré des structures de microbiome intestinal semblables à celles des individus modernes non occidentalisés dont l’alimentation est également principalement composée d’aliments non transformés, de fruits et de légumes frais. Cela semble indiquer un changement assez récent dans la composition de la communauté intestinale des populations occidentalisées modernes en raison de changements dans le régime alimentaire et le mode de vie. 

Par la prédominance de certaines souches et nos connaissances sur les fonctions de ces souches, les chercheurs ont aussi pu identifier les spécificités de chaque époque étudiée :  

• Lors de l’âge de Bronze : les hommes consommaient majoritairement des fruits, des graines entières, des légumineuses et exceptionnellement de la viande. Aucune transformation de la matière première n’était réalisée. 
• Dans l’un des échantillons de fèces datant de l’âge du fer, une forte abondance d’ADN de Penicillium roqueforti et de Saccharomyces cerevisiae a été détectée. L’analyse à l’échelle du génome indique que les deux champignons étaient impliqués dans la fermentation des aliments et fournit la première preuve moléculaire de la consommation de fromage bleu et de bière à l’âge du fer en Europe. 
• À l’époque baroque, des signes de transformation alimentaire sont apparus. Les hommes consommaient alors davantage de biscuits ou pains réalisés à partir des céréales récoltées.  

Pour conclure 

Les avancées scientifiques nous permettent donc d’en apprendre tous les jours un peu plus sur nos ancêtres, leur style de vie et sur l’impact de notre mode de vie sur notre santé et le fonctionnement de notre corps. La preuve que notre alimentation impacte directement notre flore intestinale et que ces changements sont quantifiables montre aussi l’importance de notre régime et de nos habitudes alimentaires sur notre microbiote et notre santé de manière globale.   

Bibliographie

• Maixner et al. 2021 Hallstatt miners consumed blue cheese and beer during the Iron Age and retained a non-Westernized gut microbiome until the Baroque period. Current Biology, volume 31, issue 23, p5149-5162.e6.